En tant que chargé de recherche à l’INEE du CNRS depuis fin 2009 à l’Institut de Chimie de Clermont-ferrand (ICCF), Pierre Amato étudie les interactions entre les microorganismes et les processus physico-chimiques se déroulant dans les nuages. Après un cursus universitaire en écologie des milieux aquatiques, suivi d’une spécialisation en climatologie et physico-chimie de l’atmosphère, il a pu aborder la thématique très interdisciplinaire de la microbiologie des nuages au cours de sa thèse de doctorat, pionnière dans le domaine, menée à Clermont-ferrand (2003-2006) sous la direction des Dr A.M. Delort et P. Laj. Pendant les 2 années qui ont suivies, il s’est consacré à l’étude des écosystèmes microbiens des milieux extrêmes froids, tels que les milieux polaires, et à la caractérisation de l’activité microbienne dans la glace lors d’un postdoctorat dans le laboratoire du Dr B. Christner à l’Université d’Etat de Louisiane de Baton Rouge (USA ; 2007-2008). Puis, fin 2008, il a rejoint les équipes des Dr C. Morris et D. Courault de l’INRA d’Avignon pour mesurer et modéliser les flux d’émission de microorganismes par les couverts végétaux, en relation avec le microclimat et l’organisation du paysage. Au cours de ses différentes expériences de recherche, P. Amato a ainsi pu traiter différents aspects de la microbiologie atmosphérique, depuis l’aérosolisation des microorganismes, leur survie et leur activité métabolique, jusqu’à leurs rôles dans les processus physiques et chimiques atmosphériques. Depuis fin 2009, il peut approfondir ces problématiques au sein du CNRS. Il développe actuellement des études de la structure et du fonctionnement des communautés microbiennes par des méthodes intégratives de biologie moléculaire telles que les -omics.

Chargée de projet GenoBiome

Pendant son Master Pro de microbiologie appliquée à l’Agro-alimentaire et à l’Agroenvironnement, Anne-Laure Blieux a développé des méthodes de détection de Mycobacterium bovis dans l’environnement lors de son stage à l’INRA de Dijon. Suite à cette expérience, elle intégré en 2011 la plateforme GenoSol en tant que chef de projets, parmi lesquels la réalisation d’une cartographie de la microbiologie des sols au sein du département de l’Allier, ou la caractérisation de l’état microbiologique de la grotte de Lascaux. Depuis janvier 2013, elle s’occupe de la mise en place de la GenoBiome, structure de transfert de technologies de la plateforme GenoSol, et de la coordination des projets gérés au sein de GenoBiome.

Ingénieur d'AgroParisTech, Théodore Bouchez a effectué une thèse en biotechnologie pour l'environnement à l'INRA‑LBE. Il a ensuite intégré Irstea pour y développer des recherches sur la microbiologie appliquée au traitement anaérobie de déchets. Il anime le laboratoire de microbiologie des bioprocédés d’Irstea‑Antony depuis 2007 et l’équipe BIOMIC (Bioprocédés et biotechnologies microbiennes pour la valorisation des déchets) depuis 2013. Ses travaux s'appuient sur l'utilisation couplée d'outils de biologie moléculaire et de biogéochimie isotopique pour la compréhension et la modélisation du fonctionnement des écosystèmes microbiens complexes. Ces approches sont en particulier appliquées à l'optimisation de la dégradation des déchets ligno‑cellulosiques et à la production de molécules d'intérêt à partir de déchets organiques. Théodore Bouchez anime et coordonne de nombreux projets en partenariat académique et industriel dont le projet BIORARE (programme Investissement d'Avenir 2010).

Karine DELABRE a obtenu un Doctorat de Biochimie et de Biologie Moléculaire en 1995 à l’Université Paris XI. Elle a rejoint VERI (Veolia Environnement Recherche et Innovation) en 1996 en tant que chercheur avec pour missions de développer de nouvelles méthodes de détection de bactéries pathogènes dans des échantillons d’eau. L’utilisation de la PCR a notamment permis de progresser dans ce domaine de l’analyse environnementale. Elle a géré de 2002 à 2009 le pôle « Analyses Microbiologiques » de VERI, pôle dont l’activité était focalisée sur le développement de méthodes d’analyse pour les paramètres microbiologiques en réponse aux besoins des différentes entités du groupe Veolia Environnement. En 2009, elle devient Expert « Risques Microbiologiques » au sein du département « Environnement et Santé » de VERI. Elle anime depuis 2005 le groupe de travail international « Pathogènes Emergents » dans le cadre du GWRC (Global Water Research Coalition).

Ses principales thématiques scientifiques d’intérêt sont :

• Les outils analytiques alternatifs pour l’analyse de microorganismes dans l’environnement (eau, matrices solides, air…),
• Les paramètres microbiologiques d’intérêt pour les filières de Veolia Environnement (Cryptosporidium, légionelles, virus, paramètres réglementaires…)
• Les enjeux liés à la microbiologie pour les filières de Veolia (production et distribution d’eau potable, compostage, qualité des eaux de baignade, tours aéroréfrigérantes, bioaérosols…),
• Gestion du risque microbiologique : application des concepts de « Water Safety Plans », d’analyse quantitative du risque microbiologique,
• La prévention des risques sanitaires pour les clients des services de Veolia, pour les salariés du groupe.

Directeur Technique SERPOL SA (PME 130 p.)

Diplômé de l’ENSG, Ecole de Géologie de Nancy (Promotion 1992), Alain Dumestre débute sa carrière comme ingénieur de recherche chez Aluminium Pechiney dans le cadre d’un doctorat en Géosciences de l’environnement obtenu en 1995.

Après différentes expériences professionnelles, en France et aux Etats-Unis, il rejoint la société SERPOL en 1999, en tant que Chargé d’Affaires Diagnostic et Dépollution de Sites pollués. Ses missions s’orientent très vite vers l’innovation et le développement de nouvelles techniques de dépollution.

Il rejoint la Direction de SERPOL en 2006, en tant que Directeur Technique. Il occupe aujourd’hui le poste de Directeur Général Délégué, avec toujours une forte implication dans le développement technique et commercial de l’entreprise.

CIRSEE - Centre International de Recherche sur l’Eau et l’Environnement, Le Pecq, France

SUEZ ENVIRONNEMENT

Sophie COURTOIS, travaille depuis 2001 au Pôle Analyse et Santé du CIRSEE (SUEZ Environnement) en tant qu’ingénieur de recherche et est depuis 2005, elle est responsable des projets de recherche en biologie moléculaire. Ses principales activités de recherche sont le développement et l’implantation des nouveaux outils de microbiologie et de biologie moléculaire pour les métiers de SUEZ Environnement (traitement de l’eau potable et eaux résiduaires, traitement des déchets et surveillance environnementale).

Sophie Courtois est titulaire d’un diplôme de doctorat en écologie microbienne (Université Claude Bernard Lyon I, obtenu en Avril 2000) sur les premiers travaux en métagénomique. Ses recherches dans ce domaine se sont poursuivis lors d’un Post-doctorat d’un an dans l’industrie pharmaceutique (Aventis Pharma, Centre de recherche de Vitry-Alfortville & Cambridge Genomic Center, MA, USA)

Sophie Courtois participe également aux travaux de normalisation AFNOR (commission T90D et T90E) et co-anime le groupe de travail sur les Waterborne Pathogens du GWRC (Global Water Research Coalition), regroupant les principaux centres de recherche mondiaux sur l’eau.

Utilisation des techniques d’ADN environnemental pour la surveillance de l’état écologique des eaux de surface.

Ingénieur Ecologue et Docteur en Ecologie moléculaire (Université de Grenoble), Tony Dejean est spécialisé dans l’étude de la biodiversité aquatique par l’ADN environnemental. Il a participé au développement de cette nouvelle technique d’inventaire au cours de son doctorat et a créé en 2011 le laboratoire SPYGEN.

Karine DELABRE a obtenu un Doctorat de Biochimie et de Biologie Moléculaire en 1995 à l’Université Paris XI. Elle a rejoint VERI (Veolia Environnement Recherche et Innovation) en 1996 en tant que chercheur avec pour missions de développer de nouvelles méthodes de détection de bactéries pathogènes dans des échantillons d’eau. L’utilisation de la PCR a notamment permis de progresser dans ce domaine de l’analyse environnementale. Elle a géré de 2002 à 2009 le pôle « Analyses Microbiologiques » de VERI, pôle dont l’activité était focalisée sur le développement de méthodes d’analyse pour les paramètres microbiologiques en réponse aux besoins des différentes entités du groupe Veolia Environnement. En 2009, elle devient Expert « Risques Microbiologiques » au sein du département « Environnement et Santé » de VERI. Elle anime depuis 2005 le groupe de travail international « Pathogènes Emergents » dans le cadre du GWRC (Global Water Research Coalition).

Ses principales thématiques scientifiques d’intérêt sont :

• Les outils analytiques alternatifs pour l’analyse de microorganismes dans l’environnement (eau, matrices solides, air…),
• Les paramètres microbiologiques d’intérêt pour les filières de Veolia Environnement (Cryptosporidium, légionelles, virus, paramètres réglementaires…)
• Les enjeux liés à la microbiologie pour les filières de Veolia (production et distribution d’eau potable, compostage, qualité des eaux de baignade, tours aéroréfrigérantes, bioaérosols…),
• Gestion du risque microbiologique : application des concepts de « Water Safety Plans », d’analyse quantitative du risque microbiologique,
• La prévention des risques sanitaires pour les clients des services de Veolia, pour les salariés du groupe.

Zdravka DO QUANG travaille pour le groupe Suez Environnement depuis 18 ans. En tant qu’ingénieur chercheur, puis comme manager d’une équipe de recherche, elle est intervenue sur des sujets tels que le suivi qualité de l’eau, analyse industrielle et capteurs, les micro-polluants, la modélisation des flux hydrauliques et des procédés de traitement d'eau pour le contrôle des risques sanitaires et environnementaux. Elle est responsable du Pôle Analyse et Santé du CIRSEE, le principal centre de Recherche et d'Expertise de Suez Environnement depuis 2006. A la direction d’une équipe de 25 chercheurs, experts et techniciens elle a la responsabilité de la vision stratégique et de l'orientation technique et la réalisation des projets en support opérationnel au business, du pilotage de l'activité (objectifs et moyens), de la communication scientifique et de la gestion d’un réseau de partenaires internes et externes. En tant que expert technique elle participe également chaque année à des conférences internationales et des congrès scientifiques et intervient dans les contacts avec les media sur les questions sur la qualité de l’eau, les micro-polluants, la santé. Elle a publié plus d’une quarantaine d’articles scientifiques sur des sujets relatifs au traitement de l’eau potable et des eaux usées. Elle est membre actif des associations professionnelles telles que l’IOA (Association Internationale de l’Ozone) et l’IWA (International Water Association).

Elle est diplômée de l'ENSIACET (Toulouse) et a un Doctorat en Ingénierie du Traitement des Eaux de l'Institut National des Sciences Appliquées (INSA), Toulouse.

Anne Marie Delort est Directrice de Recherche au CNRS, elle dirige l’Institut de Chimie de Clermont-Ferrand (UMR 6296 CNRS-Université Blaise Pascal-ENSCCF). Elle est également responsable de la section « Microbiologie industrielle et biotechnologies » de la SFM (Société Française de Microbiologie ».

Son expertise concerne l’étude du métabolisme microbien et se situe à l’interface entre la chimie et la biologie. Ses thèmes de recherche actuels sont centrés sur les microorganismes de l’atmosphère, et particulièrement des nuages :

• description de la biodiversité microbienne,
• rôle des microorganismes dans la transformation des composés organiques de l’atmosphère (chimie atmosphérique),
• rôle des microorganismes dans la formation des précipitations (microphysique des nuages),
• compréhension des mécanismes de résistances des microorganismes aux stress atmosphériques.

http://iccf.univ-bpclermont.fr/spip.php?article396

Recherche et Développement, Société GenoScreen, Lille, France.

Stéphanie FERREIRA est Responsable du secteur de Recherche et Développement de la Société GenoScreen pour des applications de génomique en Santé Humaine et Environnement. Elle a obtenu son Doctorat en Sciences de la Santé en 2002 sur la caractérisation des voies physiopathologiques à l’origine des lésions cérébrales caractéristiques de la Maladie d’Alzheimer. Elle a ensuite intégré la Société GenoScreen pour initier un projet de Recherche et Développement sur la génétique de la Maladie d’Alzheimer en partenariat avec l’unité INSERM U774. Ce dernier portait sur l’utilisation des dernières technologies de pointe en génomique (séquençage de masse, transcriptomique sur puces ADN et génotypage de masse (GWAS)) pour identifier des marqueurs moléculaires d’intérêt et de nouveaux gènes cibles pour le diagnostic et la thérapeutique de la pathologie. Par la suite, elle a pris la Responsabilité du Service R&D qui a initié divers projets touchant des domaines d’applications tels que la Santé Humaine, la Microbiologie Infectieuse, la Microbiologie Environnementale et la Biodiversité afin de développer de nouvelles prestations de Services et /ou produits de destinés à la Recherche publique ou privée basés sur l’utilisation des dernières technologies en génomique. Aujourd’hui, elle se dédit, entre autres, au développement d’outils standardisés de Biologie Moléculaire pouvant répondre aux besoins des industriels du Secteur Environnement.

40 ans, Responsable de l’Unité BioGéochimie Environnementale et Qualité de l’Eau au sein de la Direction Eau, Environnement et Ecotechnologies (D3E/BGE) du BRGM, Equipe de recherche pluridisciplinaire (30 chercheurs, doctorants et post-doctorants) associant géochimistes, hydrogéochimistes, microbiologistes et biologistes moléculaires.

Après une thèse de doctorat réalisée à l’INRA de Dijon sur les mécanismes biogéochimiques des sols contributeurs à la production de gaz à effet de serre, il a intégré le BRGM à Orléans en 2001. Chercheur en Géomicrobiologie, ses travaux ont été essentiellement consacrés à la caractérisation des processus biogéochimiques des sols (surface et sous-sol profond), des aquifères et des eaux souterraines impliqués dans la stabilité et le transfert de polluants, et au développement de bioprocédés de remédiation de milieux contaminés. Il a de plus contribué à animer au BRGM ces thématiques de recherche dans un contexte de gestion, de protection et de surveillance du sol, du sous-sol et des aquifères en développant des approches pluridisciplinaires associant les outils et les approches de biologie moléculaire.

Il est actuellement membre nommé du Conseil Scientifique de l'INRA d'Orléans, membre du Comité Scientifique EC2CO MicrobiEn de l’INSU, membre du groupe thématique « Territoires et Ressources Naturelles » pour l’Alliance ALLENVI du Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche, membre suppléant au Conseil d’Administration de la Fondation pour la Recherche sur la Biodiversité (FRB) et membre du Bureau du Réseau National Biofilms (RNB).

Ingénieure de Recherche en biologie (IR1) à l’Institut de Physique du Globe de Paris depuis décembre 2005.

Emmanuelle Gérard a une formation initiale de biologiste moléculaire et, à travers ses formations postdoctorales, est devenue experte dans la mise au point des techniques d'imagerie et d'identification microbienne dans des substrats minéraux, comme l’utilisation du FISH pour la microscopie électronique et la microscopie X ou le couplage entre la microscopie confocale à balayage laser et la spectroscopie Raman. Elle a de plus travaillé sur la caractérisation de la contamination microbienne des échantillons forés archéens. Elle pilote actuellement les analyses de diversité microbienne liées à l’étude de la réactivité de la biosphère profonde au niveau du site pilote d’injection du CO2 de la centrale géothermique Heillisheidi en Islande.

Directeur de Recherches - Thèse : Régulation génétique de la synthèse des acides aminés branchés chez Lactococcus lactis. Laboratoire de Génétique microbienne, INRA, Jouy en Josas.

Stage post-doctoral : Etude du facteur sexuel chez Lactococcus lactis. Institute of Food Research, Norwich, Angleterre.

Depuis 1994: INRA, Laboratoire de Biotechnologie de l’Environnement de Narbonne.

Thèmes de recherches
- Développement et optimisation d’outils moléculaires pour décrire la microbiologie des procédés de dépollution
- Ecologie microbienne de la digestion anaérobie et des eaux usées
- Diversité, stabilité et résilience des communautés microbiennes
- Survie et dissémination des micro-organismes pathogènes dans les filières de dépollution
- Microbiologie de l’air

Cécile Grand est chef de projets Sites et Sols Pollués depuis 2005 au sein du Service Friches Urbaines et sites Pollués (SFUSP) de l’Ademe. Elle a rejoint l’Agence en 2000 et a travaillé sur la classification des déchets dangereux en appui technique au Ministère en charge de l’Environnement pour la mise en application des Directives Européennes. Elle s’est progressivement orientée vers la conduite d’études et de travaux sur les sites pollués à responsable défaillant dont la maîtrise d’ouvrage est confiée à l’Ademe ainsi que le mise en œuvre d’actions de recherche dans le domaine de l’évaluation des risques pour les écosystèmes.

Les missions de maîtrise d’ouvrage dont elle a la charge consiste à définir les conditions techniques et financières de l’intervention de l’Ademe sur les sites à responsable défaillant et à suivre les opérations de diagnostics, surveillance et/ou traitement (déchets, sol et eau souterraine) sur ces mêmes sites.

Cécile Grand participe à la préparation et à la mise en œuvre de programmes d’actions et de recherche dans le domaine de l’évaluation des risques pour les écosystèmes sur les sites contaminés (méthode de caractérisation des expositions et des effets) et au développement d’outils de caractérisation biologique des sols et des eaux souterraines (de type bioindicateurs).

Danielle Lando est titulaire d'un doctorat d'état obtenu à l'Institut Pasteur pour la recherche en virologie. Elle a effectué sa carrière dans l'industrie pharmaceutique ou elle a exercé des fonctions de chercheur en pharmacologie cellulaire et moléculaire avant de prendre la responsabilité des biotechnologies au sein de Roussel Claf devenu Aventis.

Elle a œuvré pour des rapprochements entre son entreprise et le secteur académique en soutenant des projets collaboratifs. Elle a été membre nommé au Comité National du CNRS de 1995 à 2000.

Depuis 2001, elle exerce des activités scientifiques bénévoles au sein d'Adebiotech et est actuellement vice Présidente d'Adebiotech.

De formation biologiste moléculaire, Pierre LE CANN a débuté sa carrière par l’étude de la contamination virale des coquillages à l’Ifremer comme cadre de recherche. Spécialisé dans les méthodes moléculaires de détection des microorganismes dans l’environnement, il a notamment développé la PCR quantitative en temps réel pour la recherche des astrovirus, virus impliqués dans les gastroentérites, dans les eaux usées et coquillages.

Depuis 2008, il est enseignant chercheur à l’Ecole des Hautes Etudes en Santé Publique en charge des enseignements de microbiologie auprès des ingénieurs sanitaires. Il est également responsable de l’Unité de Microbiologie du Laboratoire d’Etude et Recherche en Environnement et Santé (LERES). Ce laboratoire, plateforme technologique de l’Unité 1085 IRSET (Institut de Recherche en Santé Environnement Travail) de l’INSERM, a pour mission de développer des méthodes de mesures des contaminants dans l’environnement et d’assurer les analyses dans le cadre du contrôle sanitaire opéré par l’Agence Régionale de Santé.

Pierre LE CANN y a développé un axe de recherche sur l’étude du rôle des agents biologiques de l’environnement intérieur dans les pathologies respiratoires et s’est particulièrement intéressé aux méthodes moléculaires pour rechercher les moisissures dans l’ai et les poussières des habitats en partenariat avec l’Environmental Protection Agency et l’Université de Cincinatti des Etats Unis. Il s’intéresse également aux méthodes de typage moléculaires rapides des microorganismes à travers l’étude de l’évolution spatio-temporelle des légionelles dans les réseaux d’eau chaude en utilisant la méthode MLVA (Multilocus Variable number of tandem repeats Analysis).

Anne-Sophie Lepeuple est titulaire d’un Doctorat en Sciences Alimentaires obtenu en 1998 (Université Paris VII). Après deux ans passés en recherche & développement chez Yoplait, elle rejoint le Veolia Environnement en 2000 pour être chercheur en microbiologie puis devient Responsable de Pôle en 2002. Actuellement, elle est responsable du Pole de Recherche « Biotechnologie & Agronomie » constitué d’une vingtaine de personnes.

Concernant son cursus, il commença son parcours scientifique par un DUT Analyses Biologiques et Biochimiques à l’IUT d’Aubière, université de Clermont-Ferrand. Il obtiendra ensuite une licence de Biochimie à l’université de La Rochelle, puis enchainera par un master 1 Sciences de la Vie et de la Santé, et un master 2 professionnel Biotechnologie à l’université de Limoges.

Il effectua son stage de fin d’études, au sein du pôle Biotechnologie et Agronomie de VERI, concernant la mise en place d’outils moléculaires pour le suivi microbiologique de bioprocédés (RT-qPCR). Par la suite, dans le cadre d’une collaboration Irstea-VERI, Il fut engagé comme ingénieur d’études à Irstea Antony durant 9 mois, afin de développer le même type d’outil sur des bioréacteurs de digestion anaérobie.

Il réalise désormais un doctorat en microbiologie moléculaire, dans le cadre d’une nouvelle collaboration Irstea-VERI, sur le séquençage haut-débit de l’ARN d’échantillons environnementaux, ou approches métatranscriptomiques. Le développement de ces nouveaux outils a pour but d’optimiser les bioprocédés environnementaux, grâce à la caractérisation et l’étude de biomasses complexes impliquées dans la transformation de la matière organique.

Ingénieur chimiste de formation (CPE Lyon 2005) - travaille dans le domaine des sites et sols pollués depuis 7 ans où il a réalisé de nombreuses études de faisabilités de traitements incluant notamment des processus de biodégradation in-situ et ex-situ. Au sein de TOTAL depuis 4 ans en tant que spécialiste sites et sols pollués et responsable de laboratoire au Pôle d’étude et de Recherche de Lacq (TOTAL EP/R&D), il dirige des études en laboratoire et sur site (pilotes de traitement) pour développer et valider des solutions innovantes de gestion des problématiques de pollution de sols et de nappe. Il intervient en support interne pour les sites industriels TOTAL et les directions Environnement du groupe. Domaines scientifiques : chimie, microbiologie, analyse des matrices sols et eaux souterraines, traitements in-situ, diagnostic de sites pollués.

Marina Moletta-Denat est chargée de projet à INRA Transfert Environnement, Unité d’INRA Transfert, la filiale de valorisation de l’institut. Cette structure d’interface entre les laboratoires de Recherche publics et le monde socio-économique, véritable centre de ressource technologique adossé au LBE, consacre son activité à la mise à disposition directe de services et de ressources auprès des acteurs du secteur des écotechnologies. Titulaire d’un doctorat en Ecologie Microbienne obtenu en 2005 pour ses travaux portant sur la caractérisation de la diversité microbienne des biogaz au Laboratoire de Biotechnologie de l’Environnement (LBE, Narbonne) de l’Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), elle intègre ensuite le Centre Scientifique et Technique du Bâtiment dans le département Santé en tant que responsable du laboratoire de microbiologie moléculaire. Durant 6 ans, elle met en place le laboratoire de microbiologie moléculaire et coordonne des projets de recherche et développement sur le thème de la microbiologie des environnements intérieurs en particulier sur la qualité microbiologique de l’air et la caractérisation moléculaire par séquençage haut-débit des aérosols microbiens. Aujourd’hui chargée de projet à INRA Transfert Environnement, elle propose aux demandeurs des prestations analytiques de microbiologie basées sur les outils moléculaires, notamment, PCR quantitative en temps réel, empreinte moléculaire, indices de diversité, séquençage haut-débit et bioinformatique.

Jean-Michel Monier est titulaire d’un Doctorat en Science de l’Environnement de l’Université de Berkeley et co-fondateur de la société ENOVEO. Après 10 années de recherche en Microbiologie et Génomique Environnementale dans le secteur public, il rejoint ENOVEO en 2012 en tant que responsable scientifique et coordinateur du développement de biocapteurs environnementaux.

After an education as Chemical Engineer, Dominique Morin obtained his PhD degree at the School of Mines of Paris. He started his career at BRGM in 1983 as research engineer in the processing of primary resources of non-ferrous metals. In 1987, he specialised in the field of biohydrometallurgy and biotechnologies for environmental remediation. At BRGM, he implemented a research programme focussed on the use of microbiological processes for the remediation of soils, water and contaminated wastes, and the production of metals from primary and secondary resources. As an achievement in the latter area, he led the development work and the implementation of the industrial installation of bioleaching of cobaltiferrous pyrite of Kasese, Uganda. Recently, he was general coordinator of a large European project on biohydrometallurgy (40 partners, 15 countries) during four years from 2004 to 2008 (BioMinE: http://www.biomine.brgm.fr). During ten years, he led a team of 20 research engineers developing ecotechnologies in environment, mineral processing and applied geomicrobiology until September 2010. Presently, he is in charge of Innovation Development and Intellectual Property protection at the Corporate Strategic Directorate of BRGM.

Grade : Directeur de Recherche 1ère classe IRD

Fonction : Directeur adjoint de l’Institut Méditerranéen d’Océanologie (MIO ; UM110) et Responsable avec Patricia Bonin de l’équipe MEB du MIO

Thèmes de recherche : Ecologie microbienne de la digestion anaérobie. Biogaz Microbiologie et écologie microbienne des écosystèmes extrêmes (environnements hypersalés, systèmes hydrothermaux (i) marins profonds, (ii) alcalins, (iii) terrestres, eaux de gisements pétroliers).

Arnaud Parenty, Chargé d’affaires du pôle de compétitivité TEAM2

De chimiste de formation complété par un MBA, Arnaud Parenty a participé à de nombreux travaux de recherche dans le domaine de la chimie et des biotechnologies à la fois au sein d’organismes de recherche académiques comme le CNRS, le CEA ou l’IRD mais également dans des start-ups comme les sociétés de biotechnologies Libragen et AlzProtect.

Depuis 2012, Arnaud a rejoint le pôle de compétitivité TEAM2 dédié l’innovation pour l’économie circulaire et plus particulièrement le recyclage et la valorisation des déchets. Dans ce cadre, il accompagne des entreprises, laboratoires dans le développement de projets collaboratifs innovants notamment sur la thématique de la valorisation des déchets minéraux (dont les sédiments et les sols pollués) mais aussi sur les déchets plastiques et organiques et les métaux rares et précieux.

Après une thèse en écologie des populations piscicoles à Irstea (ex Cemagref), Nicolas Poulet entre à la Direction de l’Action Scientifique et Technique de l’Office National de l’Eau et des Milieux Aquatique (Onema) en tant que chargé de mission « écologie des organismes aquatiques ». En partenariat avec différents organismes de recherches, il coordonne des projets de recherche et développement sur la biodiversité aquatique ; entre autres, il développe la thématique sur les espèces aquatiques invasives en fondant en partenariat avec Irstea, le Groupe de Travail National « Invasions Biologiques en Milieu Aquatique ».

Après une thèse de doctorat soutenue en 1999 à l’université Claude Bernard (Lyon I) en écologie microbienne du sol et un post doctorat en génétique bactérienne, Lionel Ranjard a intégré le laboratoire de Microbiologie du Sol et de l’Environnement en 2001. Sa thématique de recherche est de mieux définir et comprendre la dynamique et l’assemblage des communautés microbiennes telluriques en fonction des perturbations environnementales. Dans ce contexte, il a participé au développement de nombreux outils d’écologie moléculaire permettant la caractérisation de la densité et de la diversité des communautés indigènes. Dans ce contexte, il a ainsi crée une équipe au sein de l’UMR MSE avec PA Maron, portant sur l’écologie des communautés microbiennes telluriques en termes de diversité taxonomique et de traduction de cette diversité en fonctionnement biologique du sol et plus largement en services écosystémiques. Après avoir étudié les variations des communautés microbiennes sur de nombreux sites expérimentaux de l’INRA ainsi que sur des expérimentations en contions contrôlées, il a mis en place dés 2006 une stratégie d’étude des communautés microbiennes sur les sols du RMQS (réseau de mesure de la qualité des sols, projet ECOMIC-RMQS). Une telle approche lui a permis d’intégrer les grandes échelles spatiales en écologie des communautés et ainsi d’aborder les concepts de biogéographie mais aussi d’augmenter significativement la généricité des résultats obtenus à propos de l’assemblage des communautés telluriques. En parallèle, il a participé à la création de la plateforme GenoSol, dont il est le directeur scientifique, qui a permis d’augmenter significativement les capacités logistiques et techniques pour répondre aux enjeux et challenges du projet ECOMIC-RMQS. A ce jour cette plateforme représente le premier Centre de Ressource Génétique sur les sols par la conservation de plusieurs milliers de métagénomes microbiens des sols issus de grands échantillonnages (RMQS, ORE, réseaux de sites, LTO EU…). Après avoir optimisé les analyses en moyen débit de la densité et du génotypage des communautés microbiennes, la plateforme GenoSol est actuelement impliquée dans le développement d’un pipeline d’analyses bioinformatiques pour gérer les inventaires taxonomiques microbiens des sols obtenus par pyroséquençage des génes ribosomiques. Les perspectives de recherche sont d’une part, d’ordre scientifique en initiant le lien entre la diversité microbienne à grande échelle et le fonctionnement biologique du sol centré sur le cycle du carbone (projet CARBOMIC-RMQS) et d’autre part, d’ordre finalisé avec le développement de bioindicateurs microbiens de l’état biologique des sols pour une meilleure évaluation environnementale des pratiques agricoles (projet CASDAR AgrInnov, projet Bioindcatuers ADEME).

Avec plus de 15 années d’expérience dans le domaine des sites et sols pollués, Olivier Sibourg est actuellement gérant de la société ENOVEO basée à Lyon.

Chimiste de formation, il a exercé différentes responsabilités au sein d’équipes de recherche et développement sur les techniques de traitement des sols et nappes phréatiques impactés par différents polluants tels que les hydrocarbures, les PolyChloroBiphényls (PCB), les solvants chlorés, les composés aromatiques volatils et autres molécules persistantes dans l’environnement.

Avant de créer ENOVEO, il a dirigé un laboratoire d’analyses chimiques composé d’une centaine de personnes durant 5 ans.

Aujourd’hui, au sein d’ENOVEO, il mets à profit cette expérience afin de proposer des approches innovantes liant la biologie moléculaire et l’expertise au services des sites et sols pollués.

Valérie TANCHOU est chef de laboratoire au CEA Marcoule - DSV / iBEB / SBTN
Laboratoire de Détection et de Caractérisation des Agents du risque Environnemental

• 1993 : Doctorat de Pharmacologie Moléculaire et Cellulaire (Paris VI)
• 1994-1998: Chercheur post-doctorant : Laboratoire: Virologie Humaine (INSERM U412)- Ecole Normale Supérieure de Lyon
• 1999- 2000: Chercheur Ingénieur R&D : Service Recherche et Nouvelles Technologies - Cis Bio International - Marcoule
• 2000-2006: Chef de projet : DSV - DIEP - SBTN - CEA - Marcoule
• 2007-2013 : Chef de Laboratoire : DSV - iBEB -SBTN -LDCAE - CEA Marcoule

Après avoir soutenu un doctorat en géologie et géophysique en 1992 à l’Ecole Normale Supérieure au Laboratoire de Géodynamique, Catherine Truffert a suivi une formation postdoctorale à l’IFP. Elle est embauchée au BRGM en 1993 dans le cadre du programme national GéoGrance3D pour lequel sa double formation géologie/géophysique est requise.

De 1994 à 2000, Catherine Truffert s’est consacrée principalement à la géophysique destinée à la cartographie géologique et à l’exploration des ressources naturelles (géophysique aéroportée dont magnétisme et radiométrie spectrale gamma, études gravimétriques, traitement de données sismiques et intégration de données multi-sources dans un référentiel 3D). De 2000 à 2002, elle pilote une unité de recherche, puis en 2007, elle est nommée Chef du service Géologie du BRGM après avoir assisté pendant plus de quatre ans le précédent responsable dans le rôle d’adjoint.

Elle a mené plusieurs projets dédiés à l’amélioration de la connaissance géologique en France et sur le continent africain (Mali, Guinée, Namibie, Gabon et Madagascar) et a contribué à des cycles de formations, en France et en Afrique, sur l’acquisition de données de géophysique aéroportée et leur interprétation dans un référentiel 3D.

Elle est l’auteur d’environ 50 publications sur des modèles géodynamiques et des interprétations géologiques et géophysiques. Elle publie en 2007 un brevet international en géophysique sur les “méthodes d’acquisition et les processus de données de magnétométrie par mise à jour locale en temps réel ».

Catherine Truffert est actuellement Directrice de la Recherche du BRGM dont le champ thématique comprend la géologie, les ressources minérales, la géothermie, le stockage géologique du CO2, l’eau, l’après-mine, les risques naturels, les sols pollués et déchets, la métrologie et les systèmes d’information. Elle organise à ce titre la programmation des activités de recherche de l’établissement composée de projets collaboratifs (subventionnés ou non) et de projets propres. Elle contribue au montage des grands projets en concertation étroite avec les équipes opérationnelles.

Claude Vauchier a été diplômé de l'Ecole Nationale de Chimie de Montpellier en 1979 et de l’Institut Supérieur de Gestion de Paris en 1981. Il a commencé sa carrière au Laboratoire Central de Recherche (LCR) de Thomson-CSF à Orsay, dans un laboratoire dédié à la synthèse chimique pour la micro-électronique. En 1984, il rejoint le CEA- Leti à Grenoble, où il a d'abord été en charge du développement de nouveaux composés cristaux liquides pour l’application écran plat LCD. A partir de 1989 , il a travaillé dans le domaine des microcapteurs chimiques (microcapteur catalytique de méthane pour application domestique, capteurs gaz à semi-conducteurs en couches minces, capteur IR pour la détection de l’éthanol). En 1997, il a été en charge de mettre en place le laboratoire Microsystèmes pour la Biologie dont l’objectif était d’associer microtechnologies et biologie pour développer de nouveaux outils pour le diagnostic in-vitro. Dans ce cadre, il a été impliqué dans différents projets de développements de puces à ADN, de « laboratoire sur puce » pour le diagnostic médical, et de dispositifs implantés. Depuis 2004, il est en charge des programmes microsystèmes pour l’analyse biologique et chimique. Après avoir développé l’activité diagnostic médical, il a étendu le champ d’application des microsystèmes vers le monitoring environmental et la sécurité et plus récemment sur le contrôle de procédé appliqué à l’industrie pharmaceutique.

Le professeur Timothy M. VOGEL (PhD, Stanford University), ingénieur travaille depuis 30 ans dans le domaine de la dégradation biologique des polluants, aux USA d’abord puis en France avec plus de 80 publications scientifiques, plus de 100 conférences invitées. Les étudiants qu’il a formés occupent maintenant des positions de professeur, de maitre de conférence, d’ingénieur dans les entreprises de conseil et traitement de l'eau et du sol en France et à l'étranger. Depuis 2000, le professeur VOGEL met en œuvre des approches de biologie moléculaire pour mieux appréhender les possibilités des microorganismes pour la dépollution des eaux et sols/sites pollués par des composés pétroliers et chlorés. Ses travaux en génomique microbienne environnementale combinent volets de la recherche fondamental (étude du remodelage et du transfert horizontal des gènes) à ceux de ses applications (détection des gènes codant les enzymes responsables de la dégradation des polluants, séquençage à haut débit, génomique et métagénomique, contrôle de procédés).

Le professeur Timothy M. VOGEL enseigne actuellement à l'Université de Lyon : Université Claude Bernard LYON 1, Villeurbanne et l'École Centrale de Lyon, Écully, France

Evaluation de la zone impactée par les bioaérosols lors du compostage industriel : utilisation d’outils moléculaires pour la surveillance de l’air extérieur

Ingénieure de l’INSA de Toulouse, Nathalie Wéry a réalisé une thèse (IFREMER de Brest) et un post-doctorat (University of Bath, Angleterre) sur l’écologie des microorganismes extrêmophiles (sources hydrothermales abyssales, sol de l’Antarctique) et leur potentiel biotechnologique (activités enzymatiques).

En 2003, elle intègre l’équipe d’Ecologie Microbienne du Laboratoire de Biotechnologie de l’Environnement (INRA, Narbonne). Ses recherches au LBE ont pour objectif d’étudier le comportement des pathogènes lors du traitement biologique des déchets (traitement des eaux usées et recyclage, digestion anaérobie, compostage), leur dissémination et leur survie dans les milieux récepteurs (eau, sol, atmosphère). Ses travaux s’appuient sur l’utilisation des outils moléculaires pour décrire la diversité microbienne et tracer les microorganismes étudiés.

L’objectif finalisé de ces recherches est de mieux maîtriser le risque microbien sur les filières de traitement et de valorisation des déchets, en identifiant des leviers d’action pour améliorer l’hygiénisation et limiter la dissémination des pathogènes.